De locatie voor de nieuwe vispassage te Sint-Baafs-Vijve werd vastgelegd in de project-MER. Vanwege de gewijzigde beschikbare ruimte vroeg De Vlaamse Waterweg (DVW) aan het Waterbouwkundig Laboratorium (WL) om in samenwerking met het Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO) het bestaande ontwerp te reviseren en indien nodig aan te passen op basis van aanvullende ontwerpberekeningen.
Gezien de beperkte ruimte was een bekkentrap niet meer mogelijk en werd, uitgaande van de bouwkundige randvoorwaarden, gekozen voor een vertical slotpassage met 24 sloten wat een verval per slot/bekken van 0,10 m betekent. Op basis van een slotbreedte van 0,50 m en ruimtelijke randvoorwaarden volgde een bekkenlengte van 4,5 m en een bekkenbreedte van 3,2 m. De passeerbaarheid van het ontwerp werd gecontroleerd voor waterstandsfluctuaties die minder dan 5% van de tijd worden overschreden (circa +/- 0,20 m ten opzichte van het streefpeil). Ook werden maximale stroomsnelheden gecontroleerd bij extreme omstandigheden van sterk verhoogd verval en/of sterk verhoogde opwaartse waterstanden. Bij streefpeilen is het theoretisch verval 2,39 m over de vispassage en stuw. Het grootste verval in de onderzochte periode was 2,77 m. Bij streefpeilen heeft de vispassage een debiet van circa 0,9 m3 /s, wat op basis van maatgevende peilfluctuaties voor de normale werkingsperiode met circa 0,1 m3 /s kan fluctueren.
Om de vispassage ingepast te krijgen in de oude sluis zijn twee bochten van 180° nodig en kan er geen monitoringsruimte worden voorzien.
Er werd ook gekozen voor de toepassing van een regelbaar toegevoegd debiet van 0 tot circa 4 m3 /s. Dit zorgt ervoor dat de vispassage langer open kan blijven bij lagere afvoer (in bijv. drogere periodes), terwijl er in periodes van hogere afvoer nog een voldoende groot lokstroomdebiet gerealiseerd kan worden. Gezien de relatief grote debietschommelingen op de Leie (twee keer per dag van 0 tot circa 60 m3 /s) in de huidige situatie zorgt de toepassing van het toegevoegd debiet ook in de dagelijkse omstandigheden voor een groter openingspercentage.
Aangezien de relatief dikke sluismuur aan afwaartse zijde niet volledig verwijderd kon worden tot de meest optimale locatie voor de vispassagemonding wordt op die locatie een schuine mondingsopening (van 45°) door deze muur voorzien van 3 m breed en 2 meter hoog. Het detailontwerp van de mondingsopening en de uitstroom van het toegevoegd debiet werden door middel van een CFD-modelstudie uitgewerkt. Aan opwaartse zijde is een opening door de oude sluismuur nodig voor het inlaten van het toegevoegd debiet. Het toegevoegd debiet stroomt via een parallel kanaal tot net na het laatste bekken en wordt geregeld door middel van een hefschuif aan afwaartse zijde van het kanaal.
De automatische regeling van zowel de opwaartse afsluitconstructie als het toegevoegd debiet zijn belangrijk voor de effectiviteit van de vispassage (lees: openingspercentage en attractiviteit) en zijn daarom onderzocht door middel van modelsimulaties met een Mike11-stromingsmodel van de Leie. Op basis hiervan werd een eerste voorstel gedaan voor de instellingen van een automatische regeling.