Het netwerk Statistiek Vlaanderen wordt aangestuurd door het ambtelijk Coördinatiecomité voor Vlaamse Openbare Statistieken (CVOS) en de Raad voor Vlaamse Openbare Statistieken (RVOS) voor de uitvoering van de decretale opdrachten. De Vlaamse Statistische Autoriteit, die in het decreet werd opgericht om het netwerk te organiseren, vervangt de vroegere Studiedienst van de Vlaamse Regering, die niet langer bestaat.
Het ambtelijk Coördinatiecomité voor Vlaamse Openbare Statistieken (CVOS) vertegenwoordigt de producenten van Vlaamse openbare statistieken en neemt de nodige beslissingen om de decretale opdrachten uit te voeren. Dit houdt onder meer in: het opstellen van het statistisch programma voor Statistiek Vlaanderen, dat naast de gecoördineerde statistiekontwikkeling, -productie en –verspreiding ook rekening houdt met het kwaliteitsbeleid, en de standpuntbepaling voor interfederale en internationale statistiekfora.
Het overleg met de statistiekgebruikers wordt verzorgd door de Raad voor Vlaamse openbare statistieken (RVOS). De leden van de Raad vertegenwoordigen de departementen en agentschappen, de lokale besturen, de Vlaamse Gemeenschapscommissie, de sociale partners, de middenveldorganisaties en de academische wereld. De Raad geeft advies over het statistisch programma van Statistiek Vlaanderen, inclusief het kwaliteitsbeleid.