Met het vernieuwingsproject Beter Bestuurlijk Beleid (BBB) in 2006 werd AMINAL vervangen door het Departement Leefmilieu, Natuur en Energie (LNE). Eén afdeling van AMINAL werd geïntegreerd in de Vlaamse Milieumaatschappij (VMM). Twee andere afdelingen werden een zelfstandige entiteit: het Agentschap voor Natuur en Bos (ANB). Maar het is het Departement LNE dat, zoals voorheen AMINAL, fungeert als de centrale Vlaamse leefmilieuadministratie.