De continue achteruitgang van de natuurlijke habitats en de bedreiging voor het voortbestaan van bepaalde wilde soorten zijn een centrale zorg in het milieubeleid van de Europese Unie (EU). Deze richtlijn, de "Habitatrichtlijn" genoemd, heeft tot doel bij te dragen tot het waarborgen van de biologische diversiteit in de lidstaten, meer bepaald door een gemeenschappelijk kader te scheppen voor de instandhouden van de wilde flora en fauna en de natuurlijke habitats van communautair belang.
Bij de richtlijn wordt een Europees ecologisch netwerk tot stand gebracht dat "Natura 2000" is genoemd. Dit netwerk bestaat uit "speciale beschermingszones" die door de lidstaten worden aangewezen overeenkomstig de bepalingen van de richtlijn, alsmede uit de speciale beschermingszones die uit hoofde van Richtlijn 79/409/EEG betreffende de bescherming van in het wild levende vogels zijn ingesteld.
In bijlage I (types natuurlijke habitats van communautair belang) en bijlage II (dier- en plantensoorten van communautair belang) van de richtlijn wordt aangegeven voor welke types natuurlijke habitats en welke soorten er met het oog op hun instandhouding speciale beschermingszones moeten worden aangewezen. Bepaalde daarvan zijn gedefinieerd als types habitats of soorten die "prioritair" zijn (die het gevaar lopen te verdwijnen). In bijlage IV worden de dier- en plantensoorten genoemd die een bijzonder strikte bescherming behoeven.
De aanwijzing van de speciale beschermingszones verloopt in drie fasen. Elke lidstaat stelt een lijst samen van gebieden waar de natuurlijke habitats en de wilde dier- en plantensoorten in kwestie voorkomen. Op basis van die nationale lijsten en in overleg met de lidstaten stelt de Commissie een lijst op van de gebieden van communautair belang voor elk van de zeven biogeografische regio's van de EU (alpien, atlantisch, boreaal, continentaal, macaronesisch, mediterraan en pannonisch). Binnen een termijn van maximum zes jaar na de aanwijzing van een gebied als gebied van communautair belang wijst de betrokken lidstaat bedoeld gebied aan als speciale beschermingszone.
Wanneer de Commissie van oordeel is dat een gebied met een prioritair type natuurlijke habitat of een prioritaire soort op een nationale lijst ontbreekt, wordt een procedure voor bilateraal overleg tussen de desbetreffende lidstaat en de Commissie geopend. Indien dit overleg niet tot een bevredigende oplossing leidt, kan de Commissie de Raad voorstellen bedoeld gebied als gebied van communautair belang aan te wijzen.
In de speciale beschermingszones nemen de lidstaten alle nodige maatregelen om de instandhouding van de habitats te waarborgen en hun achteruitgang te voorkomen. Overeenkomstig de richtlijn kan de Gemeenschap dergelijke beschermingsmaatregelen eventueel cofinancieren.
Voorts moeten de lidstaten:
- een adequaat beheer bevorderen van de landschapselementen die essentieel zijn voor de migratie, de geografische verdeling en de genetische uitwisseling van wilde soorten;
- een systeem instellen van strikte bescherming van bepaalde bedreigde dier- en plantensoorten (bijlage IV) en nagaan of herintroductie van bepaalde soorten op hun grondgebied wenselijk is;
- het gebruik van niet-selectieve middelen voor het verzamelen, vangen of doden van bepaalde planten- en diersoorten verbieden (bijlage V).
De lidstaten en de Commissie bevorderen het wetenschappelijk onderzoek dat kan bijdragen tot de doelstellingen van de richtlijn.
Om de zes jaar stellen de lidstaten een verslag op over de in het kader van deze richtlijn genomen maatregelen. Op basis van deze verslagen stelt de Commissie een samenvattend verslag op.
Na de toetreding van de tien nieuwe lidstaten op 1 mei 2004 zijn de bijlagen van deze richtlijn gewijzigd om rekening te houden met de biodiversiteit van die landen. De uitbreiding heeft nieuwe uitdagingen voor de biodiversiteit met zich meegebracht en heeft tot nieuwe elementen geleid, waaronder een nieuwe biogeografische regio (de pannonische). De nieuwe lidstaten moesten tegen diezelfde datum hun lijsten met speciale beschermingszones hebben ingediend.
De gebieden van communautair belang beslaan thans ongeveer 11,6% van het grondgebied van de EU.